Histoire

Sur la route de Damcyan, le groupe rencontre le grand sage Tellah, à la recherche de sa fille Anna. Arrivé à quelques foulées du château, le groupe assiste impuissant à la destruction de celui-ci par les Ailes Rouges et au vol du cristal du feu. Ils ne peuvent que se désespérer à la vue de la mort des habitants et d'Anna. Fou de rage, Tellah part seul tuer Golbez, le nouveau chef des Ailes Rouges qui a dirigé l'attaque8. Edward, prince de Damcyan et amant d'Anna se joint au groupe pour aider Rosa et stopper Baron. Après la guérison de Rosa, les aventuriers décident de rejoindre Fabul et d'y protéger le cristal du vent de Golbez et des Ailes Rouges. Sur la route du mont Hobs, ils rencontrent Yang qui les rejoint pour protéger sa patrie. Lors de l'attaque des Ailes Rouges contre Fabul, le groupe découvre que Kain est devenu le bras droit de Golbez. Il défit et se bat en duel contre son ancien ami Cecil. Alors que Golbez kidnappe Rosa, Kain s'empare du troisième cristal et ils s'enfuient. Pendant qu'ils voyagent en bateau vers Baron, les aventuriers sont attaqué par Léviathan, un gigantesque monstre marin, et le groupe est séparé.
Cecil s'échoue près du village de Mysidia. Pour abattre Golbez, l'ancien du village lui conseille d'abandonner les arcannes obscures pour se tourner vers la bonté en devenant paladin. Pour l'assister et le surveiller lors du pèlerinage nécessaire au mont du Supplice, Cecil est rejoint par les deux jeunes apprentis Palom et Porom. Au sommet de la montagne, ils retrouvent Tellah mais sont attaqué par Scarmiglione, l'un des quatre seigneurs élémentaires, sous les ordres de Golbez. Après leur victoire, Cecil réussi le test et devient paladin tandis que Tellah apprend le sort météor, une magie ultime, seule qui serait capable d'anéantir Golbez. De retour à Baron, Cecil retrouve Yang puis ils découvrent ensemble que le roi a été assassiné et sa place usurpée par Cagnazzo, le seigneur élémentaire de l'eau. Après l'avoir vaincu, le groupe délivre Cid et s'enfuit avec un aéronef. Mais victimes du dernier piège de Cagnazzo, Palom et Porom se sacrifient afin de sauver le groupe.
Pour retrouver Rosa, Kain demande à Cecil de lui rapporter le dernier cristal. Le groupe s'en empare puis le ramène à la tour de Zott où siège Golbez. Au sommet, Tellah l'attaque en lançant le météor au prix de sa vie. Affaibli, Golbez perd le contrôle de l'esprit de Kain. Recouvrant sa lucidité Kain aide Cecil à sauver Rosa puis apprend à ses amis que Golbez part maintenant dans le monde souterrain pour obtenir les quatre cristaux des ténèbres qui pourront le mener jusqu'à la Lune. Dans ce monde peuplé de nains, Cecil aide le roi Giotto à combattre Golbez et protéger les cristaux. Alors que le groupe combat Golbez qui essaye de voler un cristal, Rydia réapparait, désormais bien plus puissante. Mais Golbez s'empare du cristal, et le groupe le poursuit jusqu'à la tour de Babil mais celui-ci se réfugie à son sommet, dans monde supérieur.
De retour à la surface, Cid se jette du vaisseau avec une bombe pour refermer le passage devant les Ailes Rouges. Sur le chemin du repaire de Golbez, le groupe est rejoint par Edge, qui poursuit Rubicante. À la tour de Babil, le groupe défait le dernier seigneur élémentaire, et est obligé de tuer le roi et la reine d'Eblan, transformés en monstre par le docteur Lugae. Précipités dans une portion inférieure de la tour à cause d'une trappe cachée, les aventuriers trouvent un vaisseau leur permettant de retourner dans le monde souterrain pour y protéger le huitième et dernier cristal. Mais à leur arrivée, Kain, de nouveau sous l'emprise de Golbez, vole le dernier artefact. De retour au château des nains, Giotto parle à Cecil d'un légendaire vaisseau qui pourrait permettre de poursuivre Golbez sur la Lune. À Mysidia, les prières des prêtres permettent de faire réapparaitre l'antique aéronef pour aider les aventuriers.
Arrivé sur la Lune, le groupe fait la connaissance de FuSoYa. Il apprend à Cecil qu'il est le fils d'un Sélénite et explique que le maléfique Zemus cherche à éradiquer la vie sur la Planète Bleue afin de faciliter la colonisation de sa race. Pour cela, il contrôle Golbez afin de lui faire invoquer un robot géant conçu pour tout détruire. De retour sur la planète, le groupe et une coalition des armée du monde attaquent le robot destructeur. Entrés à l'intérieur, les aventuriers réussissent à détruire la machine. FuSoYa parvient à mettre fin à l'emprise de Zemus sur Golbez, et Cecil apprend que celui-ci est son frère. Golbez et FuSoYa partent pour la Lune pour terrasser Zemus, suivis de près par le reste du groupe, après qu'ils eurent retrouver Kain. Au cœur du satellite, Golbez et FuSoYa parviennent à tuer Zemus, mais il ressuscite sous la forme de l'esprit Zeromus. Avec l'aide d'un cristal spécial donné par Golbez et des prières de ses amis restés sur la Planète Bleue, Cecil et ses compagnons parviennent finalement à anéantir Zeromus. FuSoYa et Golbez décident alors de rester sur la Lune. Un an plus tard, durant l'épilogue, la Lune des Sélénites s'en est allé et les héros se réunissent pour célébrer le mariage de Cecil et Rosa, le nouveau couple royal de Baron.